El estilo románico de la arquitectura se introdujo en Portugal entre finales del siglo XI y principios del siglo XII. En general, las catedrales portuguesas tienen un aspecto pesado, parecido a una fortaleza, con almenas y pocos elementos decorativos. Las catedrales románicas portuguesas se modificaron posteriormente, entre otras, la Catedral Vieja de Coímbra, aunque esta solo tuvo algunos cambios.

La distribución cronológica y geográfica de los edificios románicos en Portugal está íntimamente relacionada con la organización territorial que surge de la Reconquista, siendo la razón fundamental de las diferencias entre un fenómeno artístico de influencia local en el norte del país y un tipo más "internacional" en edificios como en Coímbra y en las catedrales de Lisboa . La arquitectura románica se desarrolló por primera vez en las regiones del Miño y del Duero (con la catedral de Braga como su referencia) y luego se extendió hacia el sur hasta Coímbra. Es en las zonas rurales del noroeste y en las regiones centrales donde los edificios románicos están más concentrados, sobre todo en los márgenes de los ríos Duero y Mondego.

La expansión del estilo románico coincidió con el reinado de D.Afonso Henriques (1139-1185), un monarca con ascendencia borgoñona que era hijo del conde Enrique y bisnieto de Roberto II, el rey de Francia. Durante su reinado se construyeron las catedrales de Lisboa, Coimbra, Oporto y Viseu.

La arquitectura gótica portuguesa es el estilo arquitectónico predominante en Portugal en la Baja Edad Media. Como en otras partes de Europa, el estilo gótico reemplazó lentamente la arquitectura románica en el período comprendido entre finales del siglo XII y el siglo XIII. Entre finales del siglo XV y principios del siglo XVI, el gótico fue reemplazado por la arquitectura renacentista a través de un estilo intermedio llamado manuelino. La arquitectura gótica fue traída a Portugal por la orden cisterciense. El primer edificio completamente gótico en Portugal es la iglesia del Monasterio de Alcobaça, un magnífico ejemplo de las formas arquitectónicas claras y simples favorecidas por los cistercienses. La iglesia fue construida entre 1178 y 1252 en tres fases, y parece inspirada por la Abadía de Clairvaux, en la Champagne.

Varias catedrales portuguesas, originarias del período románico, se modernizaron con elementos en estilo gótico en los siglos XIII y XIV. La bóveda de la nave de la Catedral de Oporto, por ejemplo, está sostenida por arbotantes, uno de los primeros ejemplos de su uso en Portugal (entre los siglos XII y XIII). Un importante edificio de transición es la Sé de Évora, construida a lo largo del siglo XIII y principios del XIV. Aunque su plan arquitectónico está inspirado en la catedral románica de Lisboa, las formas arquitectónicas y los elementos decorativos (bóvedas, arcos, ventanas) ya son góticos.

Muchas catedrales góticas han conservado la apariencia fortificada de las iglesias románicas, incluido el uso de almenas en las paredes y torres. Algun ejemplo es la Catedral de Évora.

Otra variante gótica fue el llamado mudéjar-gótico, que se desarrolló en Portugal a finales del siglo XV, especialmente en la región de Alentejo. El nombre Mudéjar se refiere a la influencia del arte islámico en los reinos cristianos de la Península Ibérica, especialmente en la Edad Media. En el Alentejo y en otros lugares, la influencia mudéjar en varios edificios es evidente en el perfil de ventanas y portales, a menudo con arcos de herradura y un parteluz, torrecillas circulares con pináculos cónicos, merlones islámicos, etc., así como decoración de azulejos. Finalmente el estilo mudéjar se entremezcló con el estilo manuelino a principios del siglo XVI.